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论文解读--孔雀石绿处理后斑马配资公司配资公司卵的转录组分析

出处:公众号水生动物健康评估 作者:吴凡 股票配资养殖网 2019-11-06 11:35:00

今天和大家分享一篇文章:孔雀石绿处理后斑马配资公司配资公司卵的转录组分析,文章引用信息如下(DOI:10.1016/j.aquaculture.2019.734500):
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孔雀石绿是一种三苯甲烷染料,在股票配资养殖中,孔雀石绿曾经被广泛用于淡水配资公司养殖业,以预防和治疗体外寄生虫和真菌感染。前期研究报道了孔雀石绿的毒性效应,但很少有研究探讨孔雀石绿的毒性机理。本文以斑马配资公司为研究对象,从转录组水平分析了孔雀石绿对斑马配资公司配资公司卵的影响,借此探讨孔雀石绿对水生生物的毒性机理。结果如下:

illumina测序与质量评价

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孔雀石绿处理组和空白对照组构建了六个cDNA文库,总共获得了257,730,582bp数据,选取Q30百分比高于91.17%的一组用于后续分析。

与参考基因组的比较分析

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对照组和孔雀石绿处理组之间的数据比对结果显示:可比对到基因组和未比对到基因组的reads具有显着差异(p <0.05),这表明孔雀石绿可能已经诱导了卵的遗传毒性。

DEG分析

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与对照组相比,经孔雀石绿处理组结果显示:共发现2436个DEGs,其中1376个DEGs显著上调,1060个DEGs显著下调。DEGs被注释到322条已知的kegg通路。然而,只有氨基酰tRNA生物合成通路显著富集。
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变异分析

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变异分析显示两组间的indel数(核苷酸的插入和删除)无显著性差异(p>0.05)。实验组与对照组的单核苷酸多态性数(snps)和总变异数(snp+indel)有显著差异(p<0.05)。表明孔雀石绿导致基因变异。

利用qRT-PCR进行DEG验证

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qRT-PCR分析基因的表达水平与RNA-Seq的结果一致。表明RNA-Seq结果总体上是可靠的;然而,还需要进一步的研究来明确其毒性机理。

总结:
本研究从转录组水平探讨了孔雀石绿对斑马配资公司配资公司卵的影响。在与参考基因组的比较分析说明孔雀石绿对配资公司卵具有遗传毒性作用。通过DEG分析确定孔雀石绿影响了斑马配资公司配资公司卵基因的表达。变异分析结果表明孔雀石绿通过snp变异导致基因变异。

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发布人:webmaster
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